מחלקת תוכ"ן (תכנון, כלכלה וניתוח מערכות) היא מחלקת המטה של מפא"ת. המחלקה אחראית על תהליכי תכנון תכנית העבודה בראייה אגפית, יצירת ועידוד חדשנות ארגונית, ליווי עסקאות GTG, אסטרטגיה, אחריות על מימוש תקציב המו"פ המרכזי, תקינה צבאית, מחשוב, פיתוח מערכות מידע ארגוניות, IT וידע ארגוני.

היחידה אחראית על הובלה, ייזום וקידום קשרי החוץ והשת"פ הטכנולוגי עם שותפים בחו"ל.

היחידה להתקשרויות אחראית על הטיפול בכל תהליכי ושיטות ההתקשרות המגוונות במפא"ת. היחידה עוסקת בניהול, ליווי והובלה כלכלית של כלל סוגי הפרויקטים במפא"ת, החל ממחקרים במוסדות מחקר ואקדמיה ועד למגה פרויקטים לאומיים ופרויקטי G2G וכן בייעוץ כלכלי והכוונת ההתקשרויות במגוון דרכים, כגון קביעת תעריפי חברות, סלי הצמדה, נושאי מימון, בקרה חוזית, הסכמי קנין רוחני וטיפול בתשלומים של החברות שפועלות עם מפא"ת. בנוסף, עוסקת היחידה בניהול תהליך "אור ירוק" להתקשרויות עם סטרטאפים.

פעילות הסגן המדעי כוללות את ריכוז פעילויות מוקדי ידע ותשתיות לאומיות (תלמ"י) בתעשיות הביטחוניות, התכניות הטכנולוגיות הרב שנתיות (תר"שים) במפא"ת, המצאות, פטנטים ומידענות, לרבות יו"ר ועדת חיסיון, ניהול הוועדות המייעצות במפא"ת בנושאי תקני מופ"ת ותקני מוקדי ידע של צה"ל, אחריות על וועדת פרס ר' מפא"ת לחשיבה יוצרת, יו"ר וועדת "כחול לבן" לעצמאות בתשתיות ובניין הכוח.

היחידה אחראית על טיפוח, פיתוח וטיפול בהון האנושי, שימור כ"א, מתן מעטפת בשגרה ובחירום לכלל העובדים, הקצינים, החיילים, בנות ובני השירות הלאומי. כמו כן, עוסקת היחידה בטיפול בפרט באופן שוטף, לרבות מתן תמיכה לוגיסטית ענפה.